YME está operativo en cualquier época del año. En la selva las estaciones están marcadas por la subida del nivel de las aguas, o creciente, que ocurre entre noviembre y abril, y la bajada de las aguas, o vaciante, entre los meses de mayo y octubre. En el Yanayacu la variación de las aguas llega hasta los 8 metros y cada estación define el paisaje y la vida de los seres que pueblan el bosque tropical.

Durante la creciente es más fácil navegar y los tiempos de viaje se acortan, los paisajes son espectaculares y es más fácil encontrar monos o perezosos en los árboles de la orilla, que dan sus frutos en esta época. Por el contrario, los animales acuáticos se dispersan por el bosque inundado y las caminatas son más cortas por la escasez de tierra firme.

Durante la vaciante la fauna acuática se concentra en el río y es la mejor época para pescar, observar caimanes, tortugas o aves acuáticas y para conocer de cerca las actividades de manejo de aguaje y taricaya. En la máxima vaciante (agosto, septiembre) los tiempos de viaje son más largos porque el río Yanayacu lleva poca agua y hay navegar evitando troncos y bancos de arena.